Aukščiausias IFPA valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas, kuriame yra 19 narių.
Visuotinis narių susirinkimas kas dvejus metus išrenka 7 narių Valdybą.
Valdyba kas dvejus metus skiria asociacijos direktorių.
Valdybos pirmininkas
Martynas Greblikas, NOVARTIS
Pirmininko pavaduotoja
Jolanta Zaikauskienė, ABBVIE
Valdybos narė
Jurgita Grizickienė, ROCHE
Valdybos narė
Iveta Kazlauskaitė-King, MERCK SHARP & DOHME
Valdybos narys
Audrūnas Kučinskas, JOHNSON & JOHNSON
Valdybos narys
Rolandas Urniežius, BOEHRINGER INGELHEIM
Valdybos narys
Arnas Vozbutas, AMGEN
IFPA direktorė
Jūra Smilgaitė
Savanoriškumo principu formuojami komitetai:
Etikos ir atitikties reikalų komitetas
Reguliacinių reikalų komitetas
Vaistų prieinamumo gerinimo komitetas
Medicinos reikalų komitetas
Inovacijų komitetas