Aukščiausias IFPA valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas, kuriame yra 19 narių.
Visuotinis narių susirinkimas kas dvejus metus išrenka 7 narių Valdybą.
Valdyba kas dvejus metus skiria asociacijos direktorių.
Valdybos pirmininkas
Martynas Greblikas, NOVARTIS BALTICS LIETUVOS FILIALAS
Pirmininko pavaduotoja
Jolanta Zaikauskienė, ABBVIE
Valdybos narys
Arnas Vozbutas, AMGEN
Valdybos narys
Rolandas Urniežius, BOEHRINGER INGELHEIM
Valdybos narys
Audrūnas Kučinskas, JOHNSON & JOHNSON
Valdybos narė
Iveta Kazlauskaitė-King, MERCK SHARP & DOHME
Valdybos narė
Jurgita Grizickienė, ROCHE
IFPA direktorė
Jūra Smilgaitė
Savanoriškumo principu formuojami komitetai:
Etikos ir atitikties reikalų komitetas
Reguliacinių reikalų komitetas
Vaistų prieinamumo gerinimo komitetas
Medicinos reikalų komitetas
Finansų komitetas
Personalizuotos medicinos komitetas